Patologi anatomi adalah cabang ilmu kedokteran yang mempelajari seluruh jaringan tubuh manusia dari segi patologis. Walaupun berperan sebagai penunjang, namun patologi anatomi sangat penting dalam menegakkan suatu diagnosis. Karena itu telah dikeluarkan peraturan oleh menkes mengenai wajibnya dlakukan pemeriksaan patologi anatomi terhadap semua jaringan yang dikeluarkan atau diangkat dari tubuh manusia.
Pemeriksaan patologi anatomi meliputi histopatologi, biopsi jarum halus, sitologi, imunohistokmia, sitokimia, biomolekuler.
Berbagai diagnosis yang ditegakkan dengan pemeriksaan patologi anatomi membantu klinisi untuk menentukan jenis terapi, menentukan prognosis penyakit, juga yang terpenting mengetahui ganas tidaknya suatu penyakit atau tumor.